Este edificio es una superposición de edificios religiosos de distintas épocas, principalmente, una mezquita árabe y una iglesia gótico- mudéjar. Del edificio islámico se conservan muchos elementos originales de finales del siglo X o el siglo XI. En época musulmana era considerada mezquita mayor, ya que, según fuentes, Niebla estaba dividida en dos barrios, uno norte y otro sur, y cada uno de ellos tenía su propia mezquita.
A comienzos del siglo XVI, buena parte de la mezquita cristianizada se derriba y se eliminan las arquerías musulmanas para erigir en su lugar tres naves mudéjares, cubiertas de artesonado, y un hermoso presbiterio gótico de complejas bóvedas ojivales estrelladas.
Aunque menos visble, el legado visigodo también está presente en la Iglesia de Sta. María de la Granada, ya que ésta llegó a ser sede episcopal de la antigua Elepla. Así lo atestiguan la tabla ornamental visigoda y la silla episcopal de piedra que se conservan en este recinto.
Por último, hay que señalar que la Iglesia posee columnas romanas, ya que en su origen fue templo romano.
Es Monumento Nacional por Decreto del 3 de mayo de 1.931.
